Я вот спрашивал про увеличенный бытовой отсек Союза с весом старого, никто не ответил. А по Вашему вопросу, с ракетой могут возникнуть проблемы со стабилизацией, устойчивостью, но я не специалист.
Для КК Союз увеличенный бытовой отсек особо не нужен, так как его фактическое использование заключается лишь для доставки к ОС, а пару суток перекантоваться достаточно и существующего БО.
В случае же новой тяжелой 3й ступени для РН Союз возможно увеличение ПН без переделки нижних ступеней и СК.